Les acides aminés peuvent être classés d’après la structure et la complexité de leur chaine latérale R. Parmi les différentes classifications possibles, l’une des plus intéressantes repose sur la polarité et les possibilités d’ionisation de cette chaine.
a. Aminoacides avec une chaîne latérale R non polaire ou hydrophobe :
Cette famille contient cinq aminoacides ayant une chaine hydrocarbonée aliphatique : Ala, Leu,
Ile, Val, Gly et Pro, deux possédant des noyaux aromatiques : Phe et Trp et un contenant du
soufre: Met
Figure 1. Aminoacides à chaîne latérale non polaires.
Tous ces aminoacides sont moins solubles dans l’eau que ne le sont les aminoacides polaires.
La proline diffère des autres aminoacides en ce sens que c’est un α-iminoacide.
b. Aminoacides avec une chaine latérale R polaire non chargée:
Ces aminoacides sont plus solubles dans l’eau que ceux qui possèdent une chaine latérale non polaire. Ser, Thr et Tyr possèdent une fonction hydroxyle responsable de leur polarité. Asn et Gln doivent leur polarité à leur fonction amide et la Cys à sa fonction thiol SH (voir figure 2).
Figure 2. Aminoacides à chaines latérales polaires non chargées.
c. Aminoacides avec une chaine latérale R chargée négativement (acides):
Les représentants de cette catégorie ont une charge négative nette à pH 6-7; ce sont l’acide aspartique et l’acide glutamique qui possèdent une seconde fonction carboxylique (voir figure3).
Figure 3. Aminoacides acides.
d. Aminoacides avec une charge latérale R chargée positivement (basiques):
Les aminoacides basiques dont la chaine latérale R présente une charge positive nette à pH=7 ont tous six atomes de carbone.
La Lys possède une seconde fonction amine sur la chaine aliphatique, et l’Arg possède un groupement guanidinium chargé positivement. L’His, qui contient la fonction imidazolium faiblement basique, est à la frontière de cette catégorie (voir figure 4).
Figure 5. Aminoacides basiques.
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